原文链接

https://bbs.imbhj.com/t/topic/111

公司最近在做一个某项目的吸附,然后迟迟没有成果,领导突然问我如何获得一个分子的直径或者体积,我依稀记得大学的时候老师教过使用ChemDraw和Chem3D,但是现在已经忘完了,找资料复习了一下,在这里记录一下。

ChemOffice版本:2019版

步骤

打开ChemDraw,绘制需要计算的分子结构,这里以氟甲苯(瞎编的,不知道这个物质存在不存在)为例:

image1.png

使用套索工具,选中整个结构:

点击view,show analysis window查看相关信息:

image3.png

image4.png

可以点击Paste将信息粘贴到结构下面

点击view,show chem3D hotlink Windows查看3D结构:

点击放大查看,跳转至Chem3D查看:

如果无法跳转,可能是ChemOffice版本问题,或者是破解版未破解完全的问题

进入Chem3D界面之后,点击抓手图标,选中任意一个原子,点击旋转,再点击一次旋转,停止旋转,然后就可以利用抓手图标自由旋转到指定角度了:

或者点击抓手右边的旋转抓手图标

自己调整分子的方向,观察哪两个原子之间的间距最远,比如示例中的甲基对位的氢原子和甲基上的氟原子看起来就是最远的了,

然后单击其中一个原子,之按住shift键,再单击另一个原子,

点击structure,measurements,display distance measurement即可看到距离:

image8.png

image9.jpg

这里的距离单位是Å,安德斯·埃格斯特朗最先从气体放电的光谱中确定了氢的Hα谱线,还找到了氢原子光谱,并发表了标准太阳谱图表,记录了太阳光谱中上千条谱线的波长。为纪念他,10e-10米以他的名字命名为埃格斯特朗,简称“埃”,符号“Å”。

不是字母A,是一个符号,和字母A略有不同。

同样的,查看键长和键角:

注:Generate All Bond Lengths就是键长,Generate All Bond Angles就是键角。

参考资料

https://www.bilibili.com/video/BV1hB4y157YJ